01 股权转让的情形
这里的转让要做广义的理解，并非只有主动出售行为才是转让，股权被司法拍卖或者公司回购也属于转让的范畴，可简单理解为股权所有权发生变更的情形一般都属于转让，亦涉及相关税收问题。
02 股权转让收入问题
自然人股权转让不涉及增值税，主要是个人所得税(以下简称个税)和印花税(相比个税，印花税金额并不高)，本文仅就个税进行分析。股权转让获得的所得属于《个人所得税法》第二条规定的“财产转让所得”，适用税率为20%，个税税额=(收入-原值-合理税费)*20%，故我们应首先从收入这一要素进行分析。
(一)如何确定收入
股权转让的对价并不局限于货币，所以因股权转让获得的经济利益都属于收入的组成部分。假设双方约定股权转让对价为现金500万元和价值5000万元别墅，那么这5000万元也会被纳入作为股权转让的收入，这里的收入也要做广义理解，包括取得的违约金、补偿金、资产、权益等等。
值得一提的是违约金，假设自然人甲把股权以800万元价格转让给自然人乙，如果乙未按合同约定付款因而向甲支付200万元违约金，则甲需要就200万元缴纳个税，为什么呢?因为如果不把转让方甲取得的200万违约金并入收入所得征税，那么他很可能会以约定高额违约金的方式来规避部分税额，比如将总价1000万的股权转让款拆分成200万股权转让款和800万违约金。
反过来，若甲未依约履行合同因而向乙支付200万元违约金，乙是否需要为取得的200万元缴纳个税，目前并无相关规定。个人认为，此时乙取得违约金收入不属于目前我国《个人所得税法》规定的征税范围，无需缴纳个税;也有律师看法不同，认为天下没有免费的午餐，只要取得所得，则应当缴纳个税。
(二)收入偏低的认定
也许有人想，收入认定范围这么宽泛，那我签订阴阳合同把价格定得低一点或者平价转让不就好了?对不起，当税务局认为你转让收入偏低时，其有权予以核定。那怎么判断是否偏低?简单来说，“事出反常必有妖”，举几个例子：
1、丙持有C公司100%股权，C公司有一块地，市场价值1亿元，你以500万元转让了全部股权会被认定价格偏低，因为看似转让股权，实际上转让了土地，500万元明显不是土地的公允价;
2、丁投资2000万元取得D公司100%股权，股权转让时公司尚在盈利，丁却以500万元转让其持有全部股权，也会被认定偏低。买卖股权和其他商品交易一样，一般卖方不会高买低卖，否则有悖常理;
3、戊、庚分别持有F公司50%股权，两人同时转让股权，戊以800万元价格转让所持有的50%股权，庚却以80万元价格转让持有的50%股权，此时庚也会被认定偏低，因为同一个企业同样比例的股权，价格应该相差不大。
但也不是所有收入偏低都会被核定，如果转让方有正当理由，税务机关也会认可，什么是正当理由呢?我称之为三有：有文件、有关系、有规定。比如股权低价转让给有特殊身份关系的人员，如配偶或子女;公司章程有规定的属于内部员工相互之间的股权转让等。
(三)收入偏低情形下，税务机关如何核定收入
方法主要有净资产核定法、类比法、其他合理方法等。在此不一一赘述。
03 股权转让原值认定
实践中比较常遇到的咨询是，注册资本认缴100万元，实缴10万元，那么可以扣除的原值是100万元还是10万元?答案是10万元，因为以现金出资方式取得的股权，是按照实际支付的价款与取得股权直接相关的合理税费之和确认股权原值。
也许有人马上会想到，儿子无偿取得父亲的股权后再将取得的股权对外转让时，岂不是没有可以扣除的原值了?答案是否定的。既然税法上认可父子是一个整体，进而允许对内相互之间低价甚至无偿转让，那么对外转让时也应看成一个整体，把父亲的取得股权时实际支付的价款(即父亲的股权原值)看成是儿子的股权原值。也就是说，此时儿子可以将父亲的股权原值作为自己转让股权时的原值进行扣除。
04 申报及征管
申报及征管是受让自然人股权过程中，最容易被忽视的环节。假设自然人甲(转让方)向乙(受让方)转让丙公司股权，根据总局2014年第67号文，受让方乙(无论是公司或自然人)应当要履行两个义务：
1、代扣代缴自然人甲的个税，否则税务机关根据《税收征收管理法》第69条规定，有权对乙处以50%以上3倍以下罚款。
2、在股权转让协议签订后5个工作日内，向主管税务机关报告，那么是向哪个税务机关报告呢?既不是向甲所在地，也不是向乙所在地，而是应向丙公司所在地的税务机关进行报告，因为从征管上来看，丙公司所在地更便于监管。
对于受让方来说，上述扣缴和报告两个义务，扣缴义务更需引起重视，因为其产生的法律后果是十分明确的。
实践中我们也注意到，随着国家逐渐加强对高收入人群的监管，除了北上广深等传统一线城市外，陆续有青岛、天津、重庆等地相继下发公告，明确要求自然人转让股权需要先纳税申报方可再进行股权变更登记。